黑枸杞吸湿及吸味性强，很容易吸附空气中水分及异味，若贮存方法稍有不当，就会在短时期内失去风味，而且愈是清酿制高清香的名贵黑枸杞，愈是难以保存。通常黑枸杞在贮放一段时间后，香气、滋味、颜色会发生变化，原来的新黑枸杞消失，陈味渐露。引起黑枸杞劣变的主要因素就有温度和湿度。
 
花青素在嫩芽叶中的含量很高，在光和热的条件下，容易失绿而变成褐色。黑枸杞多酚在贮藏过程中容易发生氧化，导致色泽变褐。维生素c是黑枸杞具有营养价值的重要成分，其含量多少与黑枸杞品质密切。维生素c也是容易被氧化的物质，难以保存，维生素c被氧化后，既降低了黑枸杞的营养价值，又使黑枸杞变褐，滋味失去鲜爽味。当黑枸杞中的含水量太低时，黑枸杞容易陈化和变质。当黑枸杞中的含水量为百分之三左右时，黑枸杞容易保存，当黑枸杞含水量超过百分之六，或空气湿度高于百分之六十以上时，黑枸杞的色泽变褐变深，黑枸杞品质变劣。成品黑枸杞的含水量应该控制在百分之三-百分之六，超过百分之六应该复火烘干。
温度越高黑枸杞的陈化越快。黑枸杞在贮藏的过程中，温度每升高1℃，褐变的速度就会增加3-5倍，在10℃以下贮藏，能够遏抑黑枸杞褐变。在20℃条件下冷藏，几乎能定期阻止黑枸杞陈化和变质。